番木瓜碱在试管内对结核杆菌（H37RV）稍有抑制作用；叶和根有很微弱的杭菌作用，叶柄无效。也有人证明叶及浆汁无抗菌作用，而种子、果实及根有一定的抗菌作用；抗菌成分的最好溶媒是丙酮；含量有季节差异。果实之浸膏稍能延长感染病毒之鸡胚生存期。该植物各种浸膏整体试验时均无抗疟作用。番木瓜碱有杀灭阿米巴原虫的作用，临床应用其盐酸盐皮下注射亦有效。浆汁及木瓜蛋白酶用于驱除绦虫、蛔虫及鞭虫等有效。后者的杀蛔虫作用已经实验证明。从种子中分离出的异硫氰酸苄酯有驱蛔作用，而且除局部刺激外无任何毒性。番木瓜甙也曾用作驱虫剂。